介质不同：油性马克笔不能溶于水，而是溶于酒精，当笔干掉了，可以用注射器吸取少量酒精注射到马克笔里即可继续使用。水性马克笔能溶于水，干了就加水。
效果不同：油性马克笔色彩柔和、挥发快，干后颜色会变淡。水性马克笔颜色鲜艳、笔触清晰，多次覆盖后色彩变浑浊，但是干了之后不易变色，稳固性非常好。
适合画纸不同：油性马克笔对画纸的渗透力比较强，所以描图纸或者硫酸纸比较适合它，一般用于室内透视图的绘制，在塑料材质上画不容易擦掉。水性马克笔通常用于在较紧密的卡纸或铜版纸上作画，用来画人物较好，在塑料材质上画很容易擦掉。
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