原材料不同：黑色皮蛋是用鸭蛋腌制的，而黄色皮蛋，则多数是用鸡蛋腌制的。
腌制原料程度不同：在腌制的过程中，因鸭蛋比鸡蛋大个，粘到蛋身上的腌料也会有不同程度的厚薄之分，再加上每个人添加各种腌料的不同，就会出现黑色皮蛋和黄色皮蛋之分。
吃法略有不同：在口感上，黑色皮蛋Q弹细嫩，味道浓郁，这种皮蛋可以用来凉拌，又或者是做皮蛋瘦肉粥；黄色皮蛋蛋味比较浅，比较适合用来凉拌、蘸醋或当点心和早餐吃。
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