不算新生学院和金陵学院，有32个院系：

文学院，历史学院，哲学系（宗教学系），新闻传播学院，法学院，商学院（ 经济学院、管理学院），外国语学院（ 英语系、俄语系、日语系、德语系、法语系、西班牙语系、朝鲜语系 ），政府管理学院，国际关系学院，信息管理学院，社会学院，数学系，物理学院，天文与空间科学学院，化学化工学院，计算机科学与技术系，软件学院，人工智能学院，电子科学与工程学院（示范性微电子学院），现代工程与应用科学学院，环境学院，地球科学与工程学院，地理与海洋科学学院，大气科学学院，生命科学学院，医学院，工程管理学院，匡亚明学院，海外教育学院，建筑与城市规划学院，马克思主义学院，艺术学院

本一(排序任意)南京大学东南大学南京航空航天大学南京理工大学河海大学南京信息工程大学南京农业大学南京师范大学中国医科大学南京工业大学南京邮电大学南京医科大学南京中医药大学南京林业大学南京财经大学南京审计学院东南大学医学院主要本二学校(排序任意)解放军理工大学南京信息工程大学南京邮电大学南京中医药大学南京工程学院南京财经大学南京审计学院金陵科技学院南京晓庄学院本三(排序任意)三江学院南京大学金陵学院南京航空航天金城学院南京理工大学紫金学院南京信息工程大学滨江学院南京审计学院金审学院南京师范大学中北学院南京工业大学浦江学院南京邮电大学通达学院南京工程学院康宁学院南京林业大学南方学院南京财经大学红山学院金陵科技学院龙蟠学院南京晓庄学院行知学院

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